Asegurate que el cliente al que le facturas tiene el NIF y el Regimen Fiscal (por ejemplo: Regimen Nacional) especificados.
La Compañia emisora de la factura tiene también que tener el NIF puesto.
El cliente al que se le factura tiene que tener marcado que quiere las facturas en Facturae, eso activa una pestaña en la que tienes que poner mas información como el Organo Gestor, etc...
Una vez realizada y validada la factura en el desplegable de Acción te muestra la opción de: Crear Archivo de Factura-E
Esto nos entregará el fichero XML pero sin firmar.
Si queremos firmarlo hay que ir a la pantalla de la Compañia y en la pestaña Factura-E subir el fichero *.pfx de firma e indicar la clave.